研究人員透過形態性狀研究，確認該種為旗唇蘭屬的一個新種，並以模式標準的採集地為種加詞，將其命名為墨脫旗唇蘭（Kuhlhasseltia motuhaso）。

旗唇蘭屬（Kuhlhasseltia）為蘭科盔唇蘭族植物（Orchidaceae, Cranichideae），全屬約11種。其中，中國記錄有3個種。

墨脫旗唇蘭與旗唇蘭屬的其它物種相比，墨脫旗唇蘭在形態上特徵明顯：唇瓣中部為黃色，兩側外緣各有兩排齒狀突起，前唇小裂片近圓形，兩裂片間有1綠色斑點。

中國國家植物園（南園）植物區系地理研究小組在西藏自治區邊界長期進行植物多樣性調查，先後發表了墨脫蝴蝶蘭（Phalaenopsis metoensis）、亞東舌唇蘭（Platanthera yadongensis）、墨脫角盤蘭（Herminium motuoensis）、西藏小囊蘭（Micropera tibetica）、米林舌唇蘭（Platanthera milinensis）等10多個蘭科新物種。